تدور احداث قصة فيلم الاكشن والاثارة والدراما " الخلية " حول ضابط عمليات خاصة اسمه (سيف)، يقوم بالتصدي لشخص إرهابي اسمه (مروان)، وأثناء هذه العملية يستشهد ضابط العمليات الخاصة (عمرو)، ويصاب (سيف) نتيجة إنفجار قنبلة بجانبه، فيقسم (سيف) على أن يعود مرة أخرى ليثأر لحق (عمرو)، إلا أن العمليات الخاصة ترفض رجوعه بسبب عدم شفائه، وعلى جانب آخر يعمل الضابط (صابر) على نفس ملف هذا الإرهابي، فيذهب (سيف) إليه لكي يطلب منه مساعدته، وبالفعل ينجح في إقناع المباحث بأن يعمل (سيف) معه، بعدها تحدث مفاجأة كبيرة عندما تأتيهم معلومات بخصوص مكان تواجد (عائشة) زوجة (مروان)